La Basilica apostolorum, dedicata ai santi Pietro e Paolo, sorse entro il V secolo lungo la strada Regina, sotto il monte Croce, in un’area cimiteriale destinata ad ampliarsi in seguito alla fondazione della chiesa. La sua struttura è nota grazie agli scavi che Serafino Balestra condusse nell’Ottocento sotto il pavimento della basilica di Sant’Abbondio: sulla base delle mura di fondazione ritrovate in quell’occasione – e che il Balestra segnò con lastre ancora visibili sul pavimento attuale –, si è stabilito che l’edificio, lungo circa 29 metri e largo oltre 23, presentava una pianta a croce, con una navata intersecata da due bracci sporgenti ed affiancata da due aule che comunicavano con l’interno della chiesa; a ovest la basilica era preceduta da un ampio nartece – cioè un atrio – sul quale si aprivano cinque porte di ingresso alla basilica e ai vani laterali; i bracci del transetto erano affiancati da piccoli ambienti – i pastoforia – utilizzati per le necessità del culto. Nel corso delle indagini del Balestra emersero tracce della pavimentazione a mosaico dell’abside e del coro e del rivestimento in marmi e stucco policromi delle pareti, ma si ritrovarono anche frammenti di dipinti che ornavano la navate e la parete esterna dell’abside.
Durante il IX secolo il complesso fu dedicato al vescovo Abbondio, che quattro secoli prima vi era stato sepolto insieme ai successori Console ed Esuperanzio; oggetto di privilegi imperiali e delle attenzioni dei vescovi della città – tutti legati all’entourage imperiale – la basilica si affermò definitivamente sulla vicina chiesa dei Santi Cosma e Damiano, che in origine aveva le stesse dimensioni. Nello stesso periodo dovette prendere avvio anche il rinnovamento dell’apparato decorativo e degli arredi liturgici della chiesa, probabilmente in adesione alle iniziative ecclesiastiche e alla normativa carolingia che promuovevano la vita e la preghiera comune tra il clero secolare: a questa fase risale infatti un consistente gruppo di materiali scultorei rinvenuti dal Balestra e che, successivamente, furono collocati in parte presso i Musei Civici di Como e in parte nella cappella funeraria del conte Lucini Passalacqua a Moltrasio. Prima del Mille anche le strutture della basilica subirono probabilmente un aggiornamento architettonico nell’ambito di una interventi che riguardanti tutta la città, punto nodale entro la compagine imperiale: è stato ipotizzato che attorno al sepolcro di Abbondio e dei suoi successori, nell’antica abside paleocristiana, sia stata eretta una struttura che favorisse il raccoglimento dei fedeli, e che nella tribuna, dove erano venerati i resti dei vescovi Rubiano e Adalberto, sia stata realizzata una sorta di cappella che richiamava quelle imperiali delle chiese carolinge. All’inizio dell’XI secolo l’insediamento di una comunità di benedettini segnò la sorte del complesso basilicale, che fu distrutto per essere ricostruito secondo moduli romanici; parte dell’arredo marmoreo dell’edificio paleocristiano fu però riutilizzato nelle strutture della nuova chiesa.
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